Kościół św. Anny w Wilnie − kościół usytuowany w stolicy Litwy (Wilnie).Powstał na przełomie XV i XVI wieku, z fundacji wielkiego księcia litewskiego i późniejszego króla polskiego Aleksandra Jagiellończyka, jako kaplica św. Anny przy zespole klasztornym bernardynów. Architektem był najpewniej budowniczy miejski z Gdańska, Michał Enkinger, przysłany tu przez radę miejską na prośbę króla. Po pożarze (?) w roku 1563 odbudowano zwalone sklepienia. Remontowany jeszcze kilkakrotnie; gruntownie w latach 1902-1904 pod kierunkiem J.P.Dziekońskiego i S.Odrzywolskiego.
Według opowiadań, Napoleonowi podczas wyprawy na Moskwę tak się spodobał kościół św. Anny, że z chęcią przeniósłby go do Paryża. W 1812 roku na kilka lat kościół zamieniono na magazyn wojskowy.
W literaturze często mylony z renesansowym, nieistniejącym kościołem św. św. Anny i Barbary przy wileńskim Dolnym Zamku, zbudowanym z inicjatywy króla i wielkiego księcia Zygmunta II Augusta jako mauzoleum jego dwóch żon.
Świątynia posiada efektowną, koronkową fasadę, dekorowaną 33 rodzajami ceglanych kształtek. Podobną maswerkową dekorację mają szczyty kościoła franciszkanów św.Trójcy i znajdującej się przy nim kaplicy św.Anny w Gdańsku oraz dom kupców hanzeatyckich (tzw.Dom Perkuna) w Kownie. Wyposażenie neogotyckie z XIX wieku, jedynie późnobarokowe ołtarze (główny i dwa boczne) zaprojektowane przez J.C. Glaubitza pochodzą z XVIII wieku. W ołtarzu głównym znajduje się obraz św. Anny Samotrzeć.
Obok kościoła stoi neogotycka dzwonnica z roku 1874 (arch. Nikołaj Czagin, nawiązująca stylem do późnego gotyku.
Tuż obok kościoła znajduje się pomnik Adama Mickiewicza.